相传伏羲、女娲、鱼腹为创世三神，但在创世后的漫长岁月里，鱼腹日渐狂妄傲慢，自认为是天地间唯一的神，想凌驾于所有之上，后被女娲与伏羲联手重创，从此不知所踪。此后，女娲与伏羲也把关于鱼腹的所有记载抹去了。
创世三神沉寂的若干年后，水神共工与火神祝融不知为何互相打斗起来，最后失败的共工愤怒之下撞倒了支撑天地的不周山，顿时天地泯灭，洪水不息，烈火燎原。 大神女娲看到人间苦难，于是下凡人间，动用五行之力炼制神石，弥补了天痕，同时将五色神石的力量灌注在神州之土，守护人间。五色神石各自镇守一方，人类得以蓬勃发展，最终围绕五色神石衍生出来五族，其中以黄帝轩辕最为出色，成为了五族的首领。 然而在大地之南端，突然出现了魔尊蚩尤的部族，凶霸强悍，没有任何记载和历史，他们只是突然强大的出现在大地上。没有人知道他们从哪里来，又为什么会出现，他们的目标很明确，仇视黄帝，征讨四方直指轩辕。 结果双方在最后的大战中都失去了踪迹，连五色神石铸成的轩辕剑也不知去向。顿时间神州群龙无首，大小部落又陷入各自为战的境地。 各个氏族为了找回各自的首领，寻遍了神州大地之上除了山海界的所有地方，却都没有结果。然而山海界一直是人类的禁忌之地，一旦被封上结界，那么就只有代表天地五行之力的轩辕神剑能破除这个结界。