在小智刚刚踏上旅程没有多久，神秘的宝可梦世界大百科突然降临宝可梦世界。
它不但向众人展示了一个个不为人所知的故事，还带来了一个个神秘奖励。
随着宝可梦世界大百科所播放的内容越来越多，一个个不为人所知的秘密也展现在了众人的面前，使得整个世界的画风都渐渐发生了变化。
人类的身躯竟然可以硬抗幻之精灵的攻击？
足以和传说精灵相抗衡的王牌，竟然是这样获得的？
无比热爱精灵的小智，竟然也有没有遵守承诺，抛弃精灵的时候。
与之相反的是，无恶不作的火箭队，竟然也有为精灵着想，放生精灵的时候...…