主角以及一行众人乘坐这未知空间公司的飞船前往比邻星开发资源，在冥王星附近不幸遇到了黑洞，被黑洞传送到了另外一个平行宇宙。
一行人掉落在某个不知名的行星上，在冒险途中，主角为了救潘诗文，被铁皮盒子一路追杀，不幸掉落到山谷中，在山谷中的某处山洞里，发现了哈迈人留下的遗迹，并根据绿宝石的指引找到了最后幸存的哈迈人的意识。
经过一系列的冒险与挫折，加上宇宙之眼的蛊惑，主角的意志发生了动摇。最终同伴的牺牲让主角重拾斗志，通过探索各个平行宇宙，找回了所有阿特拉斯的克隆体，主角获取了他们的能量，最终阻止了阿特拉斯的计划。