光之国凭借种类繁多的外挂和脍炙人口的宣传口号，对黑暗力量实行层层打击，导致黑暗势力一蹶不振。
然而等到真正的boss（虚空一族）来临，对光属性免疫的它们成功击败所有奥特曼，神秘四奥也不敌虚空之王。
在宇宙即将被吞噬之际，黑暗一方将力量存入变身器，传送到另一个时间位面的宇宙，试图让有缘人改变历史，拯救宇宙。
三个高中生也因此莫名的穿越到了奥特世界，黑暗扎基，路基艾尔，安培拉。
宇宙留下三人的威名和事迹，于是齐称：“黑暗三巨头”