旧历2012年12月21日，神秘组织横空出世，对整个世界进行了宣战，然后旧世界毁灭了。仅仅10天后，这个抱着崇高的理想的组织，成立了不分种族，不分国家的新世界，那是以科技为主导，以人类种族的繁盛为最终目的的世界。各国的残留实力面对无法以科技对敌的敌人，只得将目光转向日渐式微的“神秘”。就在这种状况下，新历18年，在该组织的科研中心都市，一位少年因不断发生在这个城市中的怪异，邂逅了形形色色的少女。科学与神秘的交织，少年与少女们战斗的物语从此开始。
以上全部口胡，故事大多是日常轻松，大概。