故事主要是围绕着主角芭月凉的爸爸芭月巌过去在中国带回来的两块青铜镜（龙镜、凰镜）。
身为芭月流柔术的一代宗师芭月巌，在儿子面前被一个来自中国叫蓝帝的武术家杀害，龙镜亦被蓝帝夺走。儿子芭月凉（故事主角）誓要报杀父之仇，追随着蓝帝的足迹到了中国。他在中国遇到了各种各样的人，构建着复杂的人物关系，并渐渐揭开谜团。
游戏制作人铃木裕曾经指明《莎木》此游戏会有十六个章节。整个《莎木 一章 横须贺》就是讲了巴凉如何从日本追寻蓝帝到香港，但内容比起预定的第一章涨大三倍。《莎木2》把第二章凉在船中的生活删除了，只收录了第三章到第六章的故事。
《莎木 第一章：横须贺》小说式攻略
名称：《莎木-第一章》
类型：f.r.e.e
厂商：sega
发售：99.12.29
媒体：gd-rom
售价：6800日圆
1986年11月29日下午4：00
漫天的雪花像征着一个悲运的冬天，一片白茫茫的山坡街道，肃杀之中带有焦急的恐惧从四面八方涌来。
我在山道上跑着，喘息的节奏擂动我的心脏，似乎浑身奔流不息的血脉在告诉我，灾祸将要到来。我要跑进这武馆大门时，迎面而来的先是在地上断裂成两半的“芭月武馆”的门牌，多年以后我似乎都时时会在脑中听到那一声折断声，它，支配了我此后的一生。一辆黑车静静地停在那里，是那样的冷，沉重的黑色将我压得很死。我慢慢走入，雪、树、池，一切都掩盖不住我重重的脚步，每一步似乎都在我脑中激起回音阵阵。
保姆躺倒在地上，我将她扶起。
“阿凉，我没关系，但主人他……”父亲?我心中又是一紧。道场的门在摇摇晃晃地靠近，门开处，一个人影飞出，重重地落在地上。
是阿福!
我迅速冲入道场，却被两个人架住。一袭长衫之上苍龙飞腾，那张牙舞爪的态势如同一道闪电，瞬间震摄了我。如弯刀一般的粗眉，凌厉的目光，脸上的伤痕，此后多少个夜里，就是这张脸在梦中带给我无限悲愤与恐惧。
“再问一遍，镜子，在哪?”
父亲未作回答，只是盯住那不知从何而来的异人。他们在对峙，脚步腾挪间调整着攻守的方位，紧张如巨浪一般淹没我的口，我叫不出声只能看着他们迅速靠迈，几个短促的起落间，父亲脸部已受了一记腿击，倒了下去。我冲过去，但尚未出招就被那人击中腹部，也倒在地上，痛苦随即漫开。
“镜子到底在哪?”
“不管问几遍”父亲在地上喘息道。”也是一样的。”
听到这句话后，那双眼中的白芒又暴涨了几分,随后移到我身上，像要将我钉死。脚步向我移来，整座道场也似在动摇，喉咙一紧，我被提了起来。
“把镜子交出。”
扼住我颈部的手越来越紧，面前的光亮都在褪下去，死亡的寒冷一丝丝地渗入我体内。
“等等!……镜子，在樱树下……埋着。”
死亡的束缚突然松开，我无力地落在地上。“还记得赵孙明吧……”那人的声音永远冰冷似铁，“在孟村被你所杀的男人的名字……”
父亲没有出声，不知名的过去好像也在重重打击着他，他身无继续战斗和求生的意志。
“来!像一个武术家那样接受死亡!”那人的声音又高了起来。父亲挣扎扑去、进步、出拳、劲风忽猎，身影闪动——
静，彻底的静，甚至可以听到门外雪花的簌簌之声。只是，父亲没有出声地躺在地上。
那两个黑衣人又走入道场，将一枚石镜交给那人。那人举腕看时，我发现他腕部有着奇异的刺青，不可名状的神秘甚至使我短暂地忘却了身边发生的事，呆呆地看着蓝衣的死神带着部下缓缓离开道场。
当目光移到父亲的身躯上时，现实才轰然一声回到我脑中，我拼合地向父亲爬去，勉强撑着他的身体。
“凉……抱着，爱和，友情……坚强地，活下去……对不起……把你一个人，留下……”
脸部一沉，面前的人已经彻底没有了声息。我惊愕地看着他逐渐冷去的身躯，不相信死别真正的到来。
爸爸，爸爸?
爸、爸
爸——爸——