在故事正式开始的二十年前，有“黄金右脚[2]”之称的足球员明锋（浦叶楝饰），被队友强雄（谢贤饰）设计陷害，在一场重要的比赛中，射失了 一个十二码，不但名誉扫地，更被人打断右脚。明锋信心尽失，最后沦落街头；而强雄则自此事业一帆风顺。
二十年后，故事正式开始。明锋（吴孟达饰）在偶然间认识到以拾荒维生，性格乐天，对武术极度沉迷的阿星（周星驰饰），意外发现他惊人的少林大力金刚腿，凭他的专业眼光，认定阿星有足球天分，锋因此游说星参加全国超级杯足球大赛，而阿星也答应。
阿星为了增加球队实力，令少林武功发扬光大，而去游说一班当年曾在少林寺习武的师兄弟，包括大师兄铁头功（黄一飞饰）、二师兄旋风地堂腿（莫美林饰）、三师兄金钟罩铁布衫（田启文饰）、四师兄鬼影擒拿手（陈国坤饰）、六师弟轻功水上飘（林子聪饰）共同参赛。可惜各人因谋生而荒废武学，而且全无斗志，但为了一百万的奖金，大家都愿意参加。在首场的友谊赛中面对以暴戾闻名的霸王队，各人均被打至半死，在千钧一发之际，阿星唤起了各人的潜在武功，在一瞬间各师兄弟重拾了本身之绝技，更将之融入了足球内，发挥出惊人威力。最后更令部分霸王队队员归顺，成为 了一队完整的“少林队”。
另外，馒头皇后太极手阿梅（赵薇饰），以太极功夫制造馒头，令星十分敬佩并成为了好朋友。虽然梅常常悉心照顾及暗恋星，但因为样貌奇丑而自卑，而不敢向星表露爱意。
少林队终于顺利打入决赛，最后所面对的对手，竟是明锋宿敌强雄（谢贤饰）所带领的“魔鬼队”。魔鬼队以高科技训练，并服用违禁药物，成为名副其实的魔鬼，而且球证、旁证等也是强雄的人，令比赛变得不公平。少林队不单只有捱打，队员更一个一个被魔鬼队的射球击至重伤，少林队的队员一个个被抬出场，也因为该队少于七人上场作赛而被判输。
在最后关头，阿梅突然出现，她剃掉所有的头发。阿星十分惊喜，但他劝阿梅快点离开。但阿梅不走，并为少林队上阵。她一招太极手，加上阿星的金刚腿，扭转了局势，令少林队成为全国超级杯的冠军。而强雄也因为给魔鬼队队员服用禁药被捕，其后魔鬼队被中国足球协会判处终身停赛，强雄并被判入狱五年。
少林队胜出，令到全香港掀起一股习武风气，而阿梅和阿星也登上《时代周刊》的封面。
