《全面回忆》故事放在未来的地球上，那时地球上有“新上海”（New Shanghai）和“欧利坚/欧美国”（Euromerica）两个国家。男主角是“新上海”一个工厂的普通工人，但他总隐隐觉得自己是间谍，只是不知是为哪方服务的。与此同时“欧利坚/欧美国”的元首Vilos Cohaagen（布莱恩·克莱斯顿扮演，也是本片的大反派），正打算在保护人民的幌子下，秘密入侵“新上海”。他的计划遭到了以“Quatto”为首的抵抗军的顽强抵抗。