主要讲雷托对帝国的统治，也是六部曲中内容最隐晦最艰深难懂的一部。
帝国在雷托的治下，出现了长久的和平，虽然这种和平是靠威权统治来维持的。随着时间的推移，雷托身上的沙鲑开始发育成沙虫，最后就只剩下一张人脸和两只退化的手臂。
厄拉科斯的生态改变也已经完成，沙漠完全消失，沙虫也灭绝了。整个帝国的香料就只剩下雷托手上的库存。各大势力陷入恐慌，姐妹会的育种计划也被雷托掌控。雷托毫不顾忌随意使用来自伊克斯星球的高科技，用思维读取技术写日记，出入乘坐自动悬浮御辇。而且他还让特莱拉人不断地克隆邓肯，死一个就让再送一个过来。这些邓肯都继承前一代的记忆，所以知道自己一次又一次都是怎么死的。另外比如焚书坑儒的事就更不在话下。雷托为防止叛乱，还专门建立了一支女性军队，鱼言士。
就在培养鱼言士的学校里出现了一个反叛军的首领赛欧娜。赛欧娜的父亲莫尼奥原来也是叛军，因为很聪明，又同情雷托且缺乏斗争的勇气，就被雷托劝降做了雷托的总管。实际上他们父女是甘尼玛和法拉肯的后代，都是雷托育种计划里的厄崔迪后人，在某一代中还混入了邓肯的基因。雷托总是在反叛者中挑选人才，让他们臣服，并且加入配种计划全家桶。
话说塞欧娜和几位反叛军潜入了雷托的地堡，偷走了雷托的日记和地堡的平面图。撤退时被发现，雷托放狼追击，同伴都被咬死，赛欧娜跳进河里才逃掉。
雷托的日记是用密码写的，塞欧娜就把日记复制了很多份交给了帝国中的各路人马，比如姐妹会、宇航公会、伊斯克星等，希望有人能破译。
邓肯在汇报盗窃事件的时候，企图用激光枪刺杀雷托，然而激光枪根本伤不了雷托神帝，邓肯被雷托一个翻身就压扁了。很快伊克斯就送来新的邓肯，雷托打算让邓肯和赛欧娜配种。因为全知全能的雷托在他的预言里唯独看不到赛欧娜。
莫尼奥也担心女儿的安全，请求雷托用展示黄金通道的方式劝降赛欧娜，就像当年考验自己那样。
在前往庆典的路上，雷托遭遇变脸者的袭击。因为变脸者来自特莱拉，作为惩罚，雷托当众鞭打特莱拉派来参加庆典的大使，并且取消了他们下一个十年全部香料的配额。
邓肯质疑雷托的做法，说鞭刑绝非厄崔迪人所为。雷托说，他这是在给大家上课，内容叫做《论军事蠢行的自杀性实质》。之前，因为上一个邓肯刺杀雷托使用的是来自伊克斯的激光枪，当时雷托也驱逐了伊克斯的大使，他们重新派来的是一位女大使，叫赫娃·诺里。伊克斯特意把赫娃培养成一个完美的女人，用来打动雷托。雷托对这些阴谋了然于心，但是仍然爱上了赫娃。众所周知，将计就计是厄崔迪家的光荣传统。
与此同时，姐妹会派来的两位圣母，她们之前提醒鱼言士说特莱拉人可能要刺杀雷托。其实姐妹会也有自己的计划，她们带了一瓶香料萃取物美琅脂，因为有传言说沙虫遇到美琅脂就会分裂成沙鲑。这点小伎俩雷拖一下就看穿了，收缴了美琅脂，鉴于她们有检举特莱拉阴谋的功劳暂且不予惩罚。
金色通道和帝王的孤独让雷托的内心痛苦不堪，赫娃的出现，使雷托的人性再次被唤醒。庆典当天，气氛非常热烈，雷托对所有鱼言士发表说:“我爱你们胜过任何人。”
邓肯陪同雷托从人群中走过，人们就挤过来伸手触摸他们。庆典之后，雷托再次召见了赫娃，两人互诉衷肠。雷托说他将会面临的死亡，自己虽然被称为神帝，统治帝国四千多年，但是他知道自己不可能永生，最后的结局就是分裂成许许多多的沙鲑，而他的意识将会分散并封闭在沙鲑之中，在沙虫的转变和繁衍中分裂下去。这就是金色通道的含义。赫娃对雷托报以深深的同情，并答应和他结婚。
城里又有变脸者发动暴乱，赫娃因此受伤。雷托暴怒，四处翻滚，压死了大片叛军。因为赫娃被伊克斯人改造的过于完美，邓肯也为之倾心。而且他出于正直的本性，竭力劝阻雷托和赫娃结婚。这让雷托很伤心。
赫娃曾经也对邓肯一见倾心，于是偷偷和邓肯滚了床单。但赫娃还是决定要嫁给可怜的雷托，对邓肯说这只是爱的告别。
在婚礼前，雷托决定让赛欧娜通过金色通道的考验。他让塞欧娜骑在自己身上，带她进入了地堡附近保留的沙漠，然后让赛欧娜靠自己走出沙漠。整个过程雷托就陪在赛欧娜身边，他要赛欧娜学会在沙漠中生存的技能，因为沙漠和沙虫将会回到厄拉科斯，到时候这里的人都必须学会如何在沙漠里生存。
塞欧娜在极度干渴的情况下接受了雷托身上分泌的香料，于是通过了厄崔迪人的香料考验。就在这时天上开始下雨，雷托被雨水伤的很重，不过他仍然跟赛欧娜讲解了沙虫和沙鲑，香料和水之间的关系。
沙虫的幼体叫做沙鲑，根据描述应该是可以变形的软体生物，它们非常的亲水，会吸收大量的水分并且囤积在体内。所以沙鲑大量繁殖就会使环境中的水越来越少，当地表完全沙漠化的时候，沙鲑就开始转变成沙虫形态。最初厄拉科斯的沙漠气候就是这样形成的。成为沙虫后，就从亲水变为恐水。沙虫只能在干燥的环境里生存，因为水对沙虫来说相当于毒药。而香料的形成离不开沙虫，沙虫离不开干燥的环境。所以，对于厄拉科斯来说，要水就不能要香料。水和香料不可兼得，这就是沙丘上的两难境地。赛欧娜也从中得出杀死雷托唯一可行的方法。
从沙漠里走出来之后，赛欧娜就算是通过了金色通道的考验，被任命为鱼言士的指挥官。莫尼奥了解女儿叛逆的性格，他求赛欧娜和邓肯不要参加雷托的婚礼，让他们躲去一个弗雷曼保留地小村庄。
结果雷托偏要把婚礼改到在那个村庄举办。婚礼当天，雷托乘坐御辇前往婚礼现场。赛欧娜和邓肯提前对御辇动了手脚，然后埋伏在中途的一座桥的附近。当雷托一行人走到桥上，命人用激光枪炸断桥梁，赫娃首先从桥上掉下，接下来是莫尼奥，他摔在岩石上死了，最后雷托也掉进了河里。一瞬间，他的身体上裹满了泡沫，冒着蓝色的烟，分裂成许多沙鲑四散游走了。雷托原本的肉体露了出来，被冲上岸。
千疮百孔的雷托并没有死，他对塞欧娜和邓肯说:这一回朕可不是将计就计，朕是真的预见不到赛欧娜的行动。也就是说赛欧娜的基因不在任何预知能力的探测范围之内，她和身边这个邓肯的后人将开启一个新的时代。雷托还交代了自己香料仓库的位置，最后化作几根骨头和一滩蓝色的液体。赛欧娜杀死了雷托，却也成为了金色通道的继承人。
雷托分裂出许多沙鲑，这些沙鲑慢慢又把厄拉科斯变回了沙丘原来的样子，沙虫又回来了，香料也重新在这里出产。沙丘上出现信仰雷托神帝的宗教，把雷托称为分裂之神。《沙丘神帝》的故事就此结束。雷托比保罗走得更远，承受的更多，更孤独。他的结局也是包括保罗在内所有伟大君主结局的一种艺术的演绎。