尊母带着离散归来的军队扫荡了整个旧帝国的核心区域，几百万颗星球都被他们攻占，屠杀这些星球上的姐妹会，战火马上就要烧到圣殿星球了。第六部《圣殿沙丘》开始，欧德雷翟当上了大圣母，她和什阿娜按照计划正在将圣殿星球改造成新的沙丘。预感到熊熊战火正在逼近，为了避免遭遇灭顶之灾，她们也开始了自己的离散计划。圣殿星球上的姐妹会选出一波又一波圣母，按照欧德雷翟的指示去往未知的宇宙深处。
邓肯和默贝拉因为不是赛欧娜的后代，会被尊母的预知能力发现，所以一直被关在带他们来到圣殿星球的那艘无舰里，关在一起的还有最后一个特莱拉尊主斯凯特尔。特莱拉星也被尊母扫荡，斯凯特尔是唯一幸存者，他身上有一个小小的储存设备，藏着大量的特莱拉人的细胞，等待时机光复特莱拉。邓肯和默贝拉虽然是靠各种阴谋诡计才走到一起的，但是两人非常恩爱，一共生了四个孩子，后来都被姐妹会给带走了。邓肯慢慢也恢复了从最原始到后来每一代死灵邓肯所有的记忆。
圣母卢西拉所在的星球也被攻占，只有卢西拉自己逃了出来，她通过姐妹会记忆分享的方法带着所有圣母的记忆逃到了迦穆星。在这里遇到了一个犹太人女孩吕蓓卡，她也是一位野生BG。卢西拉又把7622014位圣母的记忆传给吕蓓卡，然后吕蓓卡带着她们去到圣殿星球把记忆交还给了姐妹会。
卢西拉被尊母抓走之后，并没有马上被杀死。大尊母想从她身上获得姐妹会对自身生化反应的控制能力。有推测认为他们之所以从离散的宇宙深处回到旧帝国，可能就是由于受到了使用生化武器的敌人的驱赶。卢西拉当然不肯透露任何线索，被大尊母一脚踢死，尸体喂给混合人吃掉了。
混合人是一种半人半兽的种族，非常凶残，但是没什么智力，只能用少量的简单词汇交流。尊母把抓到的混合人关进笼子当宠物。根据欧德雷翟的推断，混合人应该也是在离散区域用来驱赶尊母的武器之一。有一些离散区的混合人曾经和姐妹会进行了接触，试图和姐妹会结盟共同对付尊母。
欧德雷翟派接触过混合人的圣母去跟尊母谈判，谎称姐妹会更愿意和遵母结盟，请求安排大尊母跟大圣母的会面。欧德雷翟打算用自己作为诱饵，趁机让死灵特格展开偷袭。
姐妹会不知道从什么地方搞到特格的基因，克隆出来死灵特格。为了恢复特格的记忆，让他能够担任霸撒的角色，欧德雷翟让邓肯负责训练特格。当年的学生反过来成为老师，老师则成了学生。邓肯通过自己的经验推测，啪啪啪就可以唤醒过去的记忆，完全不必像以前那样大动干戈。于是邓肯说服什阿娜和死灵特格啪啪啪，果然成功的恢复了特格的记忆。特格再次成为姐妹会的霸撒。与此同时，欧德雷翟亲自训练前尊母默贝拉成为一名圣母，获得了姐妹会的共同记忆。由于身份的转变，邓肯感受到他和默贝拉之间的爱的消失。这时邓肯也出现了类似预见未来时出现的幻觉。他看到了一对年老的变脸者夫妻，并且推测是他们制造了混合人。
后来，欧德雷翟启程去跟大尊母谈判。尊母对她不是特别重视。欧德雷翟终于见到了大尊母，蜘蛛女王达玛。
谈判过程中，一个尊母劳格诺送来两杯酒。看到大尊母喝了，欧德雷翟也尝了一口，发现只是是解除谢尔作用的药。欧德雷翟借机嘲讽了大尊母的手段卑劣。大尊母很生气，把劳格诺痛骂一顿，结果自己中毒死了，原来她的那一杯是毒酒。劳格诺成了新任大尊母。
这个时候特格按照计划也已经带着军队杀了过来，结果劳格诺轻易的就投降了，很明显这又是一个圈套。但是，你只能将计就计。
得到消息的默贝拉匆忙赶到，以尊母的身份混了进来，声称自己成功从姐妹会那里骗到了各种密术。经过验证，默贝拉被带去见劳格诺。凭借同时掌握对尊母和圣母两边的战斗技巧，默贝拉轻松战胜劳格诺，当上了大尊母。
欧德雷翟在混战中受伤，在死前把记忆传给默贝拉。默贝拉带着特格和一部分尊母回到了圣殿星球。此时，默贝拉既是大圣母又是大尊母，在她的领导下两股势力开始融合。
什阿娜对融合持怀疑态度，决定离开圣殿去开拓新的星球。她带着特格、邓肯、犹太女孩吕蓓卡、特莱拉尊主斯凯特尔还有一条小沙虫，乘坐无舰飞向茫茫宇宙。《圣殿沙丘》在此结束，沙丘六部曲也在看似没有完结之处完结了。
小说最后是作者弗兰克·赫伯特给亡妻写的讣告，赫伯特也在《圣殿沙丘》出版一年之后去世。他的儿子布莱恩·赫伯特整理了弗兰克·赫伯特的遗稿并与凯文·J·安德森合著了包括大结局在内的多部拓展小说，不提。