因为保罗出走，留下两个小孩，所以只好由厄莉娅出任摄政女王，她和邓肯结了婚。因为推行环境改造政策，弗雷曼人在沙丘上建了许多蓄水池，并且在里面养食肉鱼。这样沙虫的幼体沙鲑就没办法进来吸水，沙虫活动的范围也越来越少，渐渐出现了一些绿洲，生存环境也不再像以前那样恶劣了。
第三部《沙丘之子》一开始，厄拉科斯上突然出现了一个瞎子传教士。人们传说自我流放到沙漠的保罗回来了，这个传教士就是保罗。传教士的活动威胁了厄莉娅的统治，厄莉娅下令要逮捕传教士，却因为传教士的追随者太多而成为一纸空文。
这时候杰西卡也从老家卡拉丹来到厄拉科斯，因为她听说厄莉娅的意识已经被她的外祖父哈克南男爵占据。这里解释一下，哈克南男爵也在姐妹会的配种计划里，曾经有BG取得他的基因生下一个女儿，然后交给姐妹会培养长大，就是杰西卡。男爵是杰西卡的父亲，也就是厄莉娅的外祖父。厄莉娅生下来就有所有祖先的记忆，其中就包括男爵的记忆。这些记忆互相打架，最后男爵占了上风，控制了厄莉娅。
杰西卡一到沙丘就处理了一批忠于厄莉娅的手下，还派了哥尼·哈莱克去找弗雷曼走私贩调查传教士的事情。当年厄崔迪家族一败涂地之后，哥尼曾经做过一段时间走私贩。
雷托和甘尼玛一起来到他们两个人的秘密基地，分别让意识里保罗的记忆和契尼的记忆控制他们的身体，这样不必借助香料就可以预见未来。于是雷托得知保罗会去迦科鲁图，而自己必须走上“金色通道”，才能使人类得救。
然后他们还想问怎样才能避免重蹈厄莉娅的覆辙，保罗回答说，没办法。之后雷托请求保罗代替他控制自己的肉体，也就是说让自己变成保罗。这里作者大力渲染了保罗的意志力有多强大，才能抵抗住这种诱惑。可能他忘了保罗还没死这件事，如果雷托变成保罗，那么将会同时存在两个保罗，不知道这算不算bug。
不过，没在雷托身上发生的事，在甘尼玛身上发生了。死去的契尼不想离开甘尼玛的身体，雷托软硬兼施，好一通嘴遁才说服老妈放弃霸占自己女儿的身体的想法。
话说，姐妹会一直也想得到两兄妹的基因，他们希望两个人能够配种，然后生出一个孩子，姐妹会就可以偷偷带走然后加以利用。雷托和甘尼玛为了避免这种事情发生的可能，两个人决定分开行动。
当年帕迪沙皇帝沙达姆四世的大女儿伊勒琅公主嫁给保罗做了帝国的皇后，他还有个二女儿文希亚跟着他一起被流放到监狱星球萨鲁撒·塞康达斯。文希亚公主生下一个儿子法拉肯，就想将来让法拉肯做上皇帝宝座，于是训练了两只老虎，用来刺杀雷托和甘尼玛。具体方法就是给老虎喂穿着特制衣服的小孩，然后把这种衣服进贡给雷托和甘尼玛。但是，这些都是瞒着法拉肯做的。
自从杰西卡来到厄拉科斯之后，受到各大部落的拥戴，还总是跟厄莉娅作对。厄莉娅终于下决心要除掉自己的亲妈，当然，也可以说是亲爹想弄死自己的亲女儿，因为此时的厄莉娅实际上是哈克南男爵。
厄莉娅请杰西卡代替自己主持朝会，她事先安排了杀手，正好前来请愿的是忠于杰西卡的弗雷曼敢死队，于是护送杰西卡安全逃走。随后遇到厄莉娅的丈夫邓肯，他在这里是多重间谍。首先，厄莉娅派邓肯把杰西卡绑架到萨鲁撒·塞康达斯，好嫁祸给她妹妹文希亚。然而，邓肯也早觉察到厄莉娅有问题，于是听从了传教士的安排，将计就计，要把杰西卡带到萨鲁撒·塞康达斯去用贝尼·杰瑟里特的方式训练法拉肯。杰西卡是听了雷托的预测，将计就计，就跟邓肯走了。
另一边，雷托和甘尼玛躲在一个狭小的山洞里等待老虎的出现，甘尼玛被抓伤，但他们还是成功杀死了老虎。然后按照计划，两个人从此分道扬镳。雷托去找传说中的迦科鲁图，甘尼玛自我催眠让自己相信雷托已经被老虎吃了，并且带着噩耗独自回去，以防面对厄莉娅时露出破绽。
雷托遇刺，传闻说是文希亚绑架了杰西卡，这让法拉肯很生气。他决定放逐母亲文希亚，来平息舆论。同时杰西卡也答应澄清自己并没有被绑架，还同意让法拉肯娶甘尼玛，然后做帝国的皇帝。
在厄拉科斯的牺牲日这一天清晨，传教士再次出现在厄莉娅神庙的广场上。他发表了与穆阿迪布教义完全相反的演说。穆阿迪布靠预言统治帝国，相信一切都是确定的，但是传教士却说:“人必须永远选择不确定性，远离确定性。”厄莉娅认出了传教士就是保罗。
雷托在沙漠里一连走了好几天，终于来到迦科鲁图。哥尼·哈莱克也在这里，他和这里的部落首领一起控制了雷托，并且强行给雷托注射了香料。部落首领是厄莉娅的人，厄莉娅早就想给雷托和甘尼玛使用香料了。因为这两兄妹是目前为止唯二不靠香料就能预测未来的人类，厄莉娅想看看香料会在他们身上发挥什么样的效果。哥尼本来是杰西卡派来调查传教士的，部落首领骗他给雷托使用香料是杰西卡的命令。
果然，在香料的作用下雷托开始进化，当然也多亏有保罗强大的记忆全程护持，雷托终于打通任督二脉，让自身的过去记忆和未来预知形成了统一的整体，开了天眼。
部落首领派自己的女儿负责看守，雷托看到未来的自己会跟她相爱，果断避开了这条时间线，趁机逃走，于是这个女人在小说里再没出现过。。
沙达姆家族提出联姻请求，甘尼玛因为自我催眠对雷托之死深信不疑，坚决不同意嫁给法拉肯，并说会亲手杀掉法拉肯。厄莉娅觉得杀了也没什么不好，就先替甘尼玛答应下来。邓肯也被送了回来，厄莉娅居然要除掉自己的丈夫。于是派他去找斯第尔格，安排人在路上制造事故。邓肯发现不对劲，劫持了一架扑翼机逃脱，自行去找斯第尔格。厄莉娅众叛亲离，只有斯第尔格还保持中立。邓肯故意激怒斯第尔格，被他杀死。斯第尔格杀了厄莉娅的丈夫，没办法继续保持中立，于是带着甘尼玛一起逃走。
雷托来到一个走私沙虫的部落，他在这里让沙鲑覆盖身体，和自己的皮肤融为一体，形成活的蒸馏服。这让他的身体机能大幅提高，同时获得超长的寿命。雷托继续他的“金色通道”之路，四处破坏蓄水池，阻止沙丘生态的转变。但是为时已晚，沙漠就要完全消失，沙虫也失去了栖息地，没有了沙虫，也就不会再有香料产出。雷托的破坏只能推迟这一天的到来。
雷托在沙漠里遇到父亲保罗，带着他回到迦科鲁图，在这里和哥尼会合，重建蓄水池，并且开始囤积香料。等生态环境彻底发生变化以后，香料产量将会大幅下降，直至停止。到时候雷托就可以依靠囤积下来的香料统治帝国了。
厄莉娅派人去跟斯第尔格谈判，趁机绑走了甘尼玛。杰西卡也带着他的好学生法拉肯，一名男性BG来到厄拉科斯要和甘尼玛举行订婚仪式。
这时候传教士又出现在外面的广场上，揭露厄莉娅的罪行。结果引起骚乱，几名厄莉娅的追随者趁机杀死了传教士，保罗的一生终于结束。
和保罗一起来的雷托解除了甘尼玛的自我催眠，凭借超能力制服了姑姑厄莉娅。大家想帮助厄莉娅恢复自己的意识，可惜没能成功，厄莉娅自己从窗户跳下去死掉了。杰西卡在同一天目睹自己的儿子和女儿双双死去。
雷托正式称帝，从此统治了帝国长达四千年，被称为神帝雷托。法拉肯交出自己的军队，和甘尼玛结了婚。《沙丘之子》到这里就结束了。