沙丘小说第五部《沙丘异端》一开始讲，雷托死后，帝国陷入混乱，发生了大饥荒。因为技术发展，伊克斯已经有了可以不被预知能力探测的飞船，称为无舰，特莱拉人也开发出能够量产的香料。于是有一部分人开始向宇宙更遥远的地方移民了。有了这些躲避预知能力的技术之后，那些去往宇宙深处的人类，渐渐就和留在核心区域的人类脱离了联系，史称大离散。
小说里写雷托分裂之后1500年，随着一些大离散出去的人类的后代再次回到核心区域，各大势力又展开了斗争。因为丰富的香料，姐妹会重新壮大，但是她们再也不敢培养魁萨茨·哈德拉克了，害怕再搞出下一个什么神帝出来。而离散回来的人类中有一群叫做尊母的女性领导者，她们是姐妹会成员的后人，有BG一样的技能和战斗力，还多了一项色诱术，就是通过性来控制男人。
特来拉变脸者也进化了，他们的伪装术变得更难识破，还可以在杀死对方后，读取他的记忆。姐妹会当然也开发了对应的药剂，能够产生谢尔效应，阻止死后的记忆被人读取。特莱拉的尊主巧妙的在谈判过程中杀死过一个尊母，并且研究了尊母的性控制能力，还让尊母误以为特莱拉人已经臣服于她们了。另外，特莱拉人开始信奉雷托神帝，称他为神的使者，并且继续供应克隆的邓肯给姐妹会。这些是专门定制的，都不带过去的记忆，身体机能也做了改造提升，叫做死灵邓肯。训练邓肯的基地在迦穆星，这里以前是哈克南的封地，大圣母施万虞派前任霸撒，米勒斯·特格训练死灵邓肯。
此时的沙丘的名字已经从厄拉科斯变成拉克斯，在拉科斯上出现了一个女孩，名叫什阿娜·布拉赫，拥有控制沙虫的能力。姐妹会训练死灵邓肯就是为了跟什阿娜配种来获取控制沙虫的基因。
在一次针对拉克斯的教会袭击中，姐妹会出手保护了什阿娜，从而接替了教会对什阿娜的监护权。姐妹会派特格的女儿达尔维·欧德雷翟训练什阿娜成为BG。
大圣母与特莱拉尊主之主马哈依特路易斯·瓦夫会面。因为猜测到特莱拉人杀过遵母，圣母以此要挟瓦夫分享特莱拉获得的关于尊母的情报。
后来，瓦夫又和姐妹会的欧德雷翟在拉科斯谈判，在场的还有拉科斯教会的主教。瓦夫用暗器杀死了主教，并把他替换成了一个变脸者。欧德雷翟反应迅速，躲开了暗器。因为姐妹会需要和特莱拉人结盟来对抗尊母，所以欧德雷翟就设计让瓦夫认为姐妹会也跟他们一样信奉雷托神帝。
欧德雷翟带着瓦夫和什阿娜走进了沙漠，一起骑上了沙虫，然后在沙虫体内残存的雷托的意识碎片的指引下，找到了雷托藏匿香料的仓库。作为交换，特莱拉人把尊母的性控制术演示给姐妹会看，还把量产香料的技术也教给姐妹会。
尊母派人袭击了迦穆，特格和死灵邓肯还有BG卢西拉，躲进了哈克南人很久以前建造的一个无厅。无厅和无舰一样，不会被预见能力看到。特格用门泰特的方式推算出应该先帮死灵邓肯恢复原始的记忆。大圣母派特格的学生，现任霸撒伯兹马利前来支援，在无厅外面两军相遇，展开激战。特格掩护邓肯和卢西拉逃走，自己却被尊母的人俘虏。
邓肯和卢西拉与伯兹马利会合后，打算分头乔装离开已经被离散之人占领的迦穆。卢西拉和伯兹马利一个扮妓女一个扮嫖客，居然跑去跟一个叫默贝拉的尊母套话，还被她误认为是高级尊母。默贝拉告诉他们，邓肯已经被抓住了，正准备对他使用性控制术，就安排卢西拉在窗户外面观摩。尊母的性控制术激发了特莱拉人预先给邓肯植入的反制武器，本来是准备对付姐妹会的，结果用到了尊母身上，默贝拉被邓肯反向控制了。
尊母的人对特格使用刑讯仪，想刺探他的记忆。因为特格注射过谢尔，阻止了刑讯仪对大脑信号的搜索和解读。他们把刑讯仪开到最大功率，特格在极度痛苦中被激发出超能力，感官和动作变得极度迅捷，周围的世界在他的感觉里变得非常缓慢。特格解开绳子，轻松干掉一众喽啰。特格发现自己同时还获得了预知能力，而且无厅、无舰也阻挡不了他的探测。这得益于他强大的厄崔迪基因。超人特格所向披靡，带着一些新招募的追随者劫持了尊母的无舰，并且找到邓肯和卢西拉一同前往拉科斯。
尊母在拉科斯袭击了大圣母，大圣母被击中，临死前将自己的意识和记忆传输给欧德雷翟。欧德雷翟带着什阿娜骑上沙虫逃进沙漠。特格赶到拉科斯和她们回合，利用什阿娜的能力把一条沙虫带上了无舰，欧德雷翟带领众人驾驶无舰飞向姐妹会的大本营圣殿星球。特格留下来断后，被愤怒的尊母连同拉科斯星上的所有生物一同摧毁。
原来拉科斯的毁灭是大圣母早就计划好的，大圣母认为拉科斯上的沙虫都保留着神帝雷托的记忆碎片。雷托虽然死了，但是通过这些记忆碎片仍然左右着人类的未来。只有摧毁拉科斯才能将人类从雷托的手中彻底解放，让人类自由的发展。等到幸存的沙虫再度生息繁衍的时候，人类就有能力突破雷托的控制了。只不过大圣母原先计划的是用死灵邓肯作为诱饵，最后特格改变了计划代替邓肯死掉了。第五部《沙丘异端》到此结束撒花。